Quốc hội đã họp chung lúc 1 giờ chiều EST để đếm số phiếu của Đại cử tri. Trước cuộc bỏ phiếu, Pence đã gửi một lá thư lên Quốc hội, trong đó ông phủ nhận việc ông, với tư cách là người chủ trì cuộc kiểm phiếu, có "quyền đơn phương" lật ngược kết quả kiểm phiếu của bất cứ bang nào. Sau khi kết quả của Alabama và Alaska được đọc mà không bị phản đối, kết quả của Arizona đã bị Paul Gosar (AZ-4) và Ted Cruz (TX) phản đối. Vì có phản đối, phiên họp chung đã tạm dừng lúc 1:15 chiều và cho phép mỗi viện tự tranh luận và bỏ phiếu về phản đối trên.[49]

Trong cuộc tranh luận về phiếu bầu của Arizona, những người ủng hộ Trump đã xông vào Điện Capitol Hoa Kỳ vào khoảng 2:15 chiều. Vì việc này, các thành viên của Hạ viện và Thượng viện đã được Cảnh sát Điện sơ tán khỏi Điện, và Quốc hội đã được khóa chặt.[50] Lực lượng Vệ binh Quốc gia của Đặc khu Columbia, cũng như Vệ binh Quốc gia và cảnh sát tiểu bang của hai bang lân cận Virginia và Maryland, đã được kích hoạt trong vòng một tiếng.[51] Vào khoảng 5:40 pm, Trung-sĩ-an-ninh thông báo rằng tòa nhà Capitol đã được bảo vệ. Quốc hội sau đó họp lại lúc 8 giờ tối và các chính trị gia của cả hai đảng đã đều lên án Trump và cuộc nổi dậy thất bại của những kẻ bạo loạn.[52]

Trước khi phiên họp tiếp tục, lúc 7.00 tối, luật sư của Trump, Rudy Giuliani, đã vô tình để lại một tin nhắn thoại cho Thượng nghị sĩ Mike Lee, người đã công khai tin nhắn này. Người đáng lẽ phải nhận thư thoại này là Thượng nghị sĩ Tommy Tuberville, và trong thư thoại Giuliani đã nói "Tôi biết họ sẽ triệu tập lại lúc 8 giờ tối nay, nhưng nó... chiến lược duy nhất mà chúng ta có thể theo là phải phản đối thật nhiều bang và gây ra nhiều vấn đề để chúng ta có thể trì hoãn đến ngày mai - tốt nhất là đến cuối ngày mai."[53] Không ai biết chính xác mục đích pháp lý hay chiến thuật của nỗ lực trì hoãn này là gì, và có thể nó là để tạo cơ sở cho một chiến dịch pháp lý khác vì việc xác minh kiểm phiếu đã chưa kết thúc vào ngày 6. Thượng nghị sĩ Tuberville không nhận ra rằng đoạn thư thoại trên thực ra là dành cho ông cho đến khi nó đã được công khai.

Cuộc tranh luận sau đó được tiếp tục về vấn đề số phiếu đại cử tri của bang Arizona. Thượng viện bác bỏ phản đối với số phiếu 6-93 lúc 10:10 tối,[54] và tiếp theo là bác bỏ của Hạ viện lúc 11:08 tối.[55][56] Sau đó, phiên họp chung đã được tiếp tục và Pence yêu cầu Thư ký Thượng viện và Thư ký Hạ viện báo cáo kết quả của cả hai viện, và sau khi văn bản phản đối kết quả chính thức bị từ chối, phiên họp đã được tiếp tục để xem xét các bang còn lại. Các thành viên đảng Cộng hòa của Hạ viện phản đối cuộc bỏ phiếu đại cử tri của Georgia, Michigan và Nevada, nhưng phản đối của họ đã bị bác bỏ vì không có thượng nghị sĩ nào tham gia phản đối. Trong trường hợp của bang Georgia, Thượng nghị sĩ Kelly Loeffler (R – GA) đã rút lại ý kiến phản đối của mình sau cuộc nổi loạn vừa rồi.[57][58][59] Sau khi phản đối về số phiếu đại cử tri của bang Michigan bị thất bại, những phản đối còn lại đã được lên kế hoạch với bang Nevada, Pennsylvania và Wisconsin với tổng số 36 phiếu đã không còn đủ để cạnh tranh được tổng số 270 phiếu mà Biden/Harris cần để giành chiến thắng. Hạ nghị sĩ Jake LaTurner đã nhận được chẩn đoán dương tính với COVID của mình sau cuộc bỏ phiếu về kết quả bang Arizona và đã bị cách ly, bỏ lỡ cuộc bỏ phiếu về kết quả bang Pennsylvania.

Bang tiếp theo bị phản đối kết quả là Pennsylvania sau khi Scott Perry (PA-10) và Josh Hawley (MO) phản đối kết quả, và phiên họp chung lại tạm dừng lúc 12:15 sáng.[60] Thượng viện không tổ chức tranh luận gì thêm và chỉ trong vài phút, Thượng viện đã bác bỏ phản đối với số phiếu 7-92.[61] Hạ viện đã tổ chức một cuộc tranh luận và có một đợt gián đoạn duy nhất xảy ra lúc Conor Lamb (PA-17) đang phát biểu. Lời phản đối của Morgan Griffith (VA-9) về bài phát biểu của Lamb đã bị cắt ngắn vì ông nói quá dài dòng, và cùng lúc đó Andy Harris (MD-1) và Colin Allred (TX-32) bắt đầu cãi nhau và đối đầu với nhau. Cuộc đối đầu sau đó đã bị dừng và bài phát biểu của Lamb được tiếp tục. Sau khi tranh luận thêm, Hạ viện đã bỏ phiếu bác bỏ phản đối vào lúc 3:08 sáng.[62][63] Tại thời điểm phản đối, số phiếu đại cử tri của Đảng Dân chủ đã đứng ở mức 244 phiếu, cộng với 32 lá phiếu đại cử tri từ bốn bang Dân chủ không có phản đối còn lại (Rhode Island, Vermont, Virginia và Washington) là đã đủ để đẩy Đảng Dân chủ lên mức 276 phiếu, vượt mức 270 phiếu cần thiết để giành chiến thắng, không cần đến phiếu đại cử tri từ bang Pennsylvania và Wisconsin.[64]

Phiên họp chung lại tiếp tục một lần nữa lúc 3:25 sáng,[65] với hai Thư ký của Thượng và Hạ viện báo cáo kết quả của cuộc bỏ phiếu, chính thức bác bỏ việc phản đối kiểm phiều lần thứ hai. Phiên họp lại tiếp tục việc kiểm phiếu. Vào lúc 3:33 sáng, số đại cử tri của bang Vermont đã được xác nhận, đưa Biden/Harris vượt qua mốc 270 phiếu đại cử tri cần thiết để nhận chức tổng thống và phó tổng thống.[66] Phản đối cuối cùng là về kết quả bang Wisconsin, nhưng phản đối này không thành công do không có thượng nghị sĩ nào tham gia phản đối.[67] Phiên họp chung đã được giải tán bởi Pence lúc 3:44 sáng.[68]

Nghị sĩ Đảng Cộng hòa Peter Meijer nói rằng một số đồng nghiệp của ông đã muốn bỏ phiếu đồng ý chứng nhận kết quả, nhưng họ đã không làm vậy vì họ lo sợ cho sự an toàn của gia đình họ.[69]